Руководство по настройке NIST MS Search 3.0 (Тандемный режим)

Этот документ представляет собой руководство по типичным настройкам программы NIST MS Search 3.0 в тандемном режиме, включая советы из Краткого руководства NIST.

1. Основные Настройки и Конфигурация

• Переключение на программу производителя: Чтобы вернуться в программу вашего прибора после обработки данных, используйте иконку "Switch to Caller".
• Выбор типа спектра (v.3.0): Версия 3.0 упрощает выбор режима работы. При запуске выберите тип спектра (File -> Select Spectrum Type):
  • Tandem: Для тандемных масс-спектров.
  • Peptide: Для пептидов.
  • EI: Для электронной ионизации.
• Настройки импорта спектров (Options -> Spectrum Import Options):
  • Точность m/z: Установите количество знаков после запятой для ионов-предшественников и дочерних ионов (например, 4), чтобы соответствовать точности вашего прибора.
  • Удаление шума: Эта секция очень полезна для удаления низкоинтенсивных ионов и электронного шума.

2. Типы Поиска в Библиотеке (Options -> Library Search Options)

Во вкладке Search можно выбрать один из следующих типов поиска:

• Identity MS/MS: Основной тип поиска. Ищет спектры в библиотеке, ограничиваясь ионом-предшественником и указанным для него допуском (m/z Tolerance).
• Identity/High Resolution No Precursor: Сравнивает общий вид неизвестного спектра с референсными, не используя ион-предшественник для ограничения поиска.
• Similarity/Hybrid MS/MS: Очень полезен, если в библиотеке нет точного совпадения, но есть похожее соединение. Этот поиск находит спектры с совпадающими дочерними ионами и нейтральными потерями.
  • Внимание: Гибридный поиск для отрицательных ионов (neg ion hybrid) может работать некорректно.

3. Настройки Поиска в Библиотеке (Вкладки)

• Вкладка Libraries:
  • Spectrum search: Выберите библиотеки для поиска по спектру. Стандартные библиотеки для NIST 2023 уже выбраны по умолчанию.
  • Structure Search: Выберите библиотеки для поиска по структуре.
• Вкладка MS/MS:
  • Search m/z Tolerance: Установите допуски для масс иона-предшественника (Precursor) и дочерних ионов (Product ions), которые соответствуют точности вашего прибора.
  • Ignoring peaks around precursor: Рекомендуется установить значение (например, 1.6 m/z), чтобы игнорировать пики вблизи иона-предшественника.
• Вкладка Limits:
  • Minimum m/z: Рекомендуется установить минимальное значение m/z (по умолчанию 50), чтобы соответствовать диапазону вашего прибора.
• Вкладка Constraints:
  • Позволяет применять фильтры по типу прибора, заряду, типу иона-предшественника и т.д.

4. Фильтрация и Анализ Результатов

• Фильтр списка совпадений ("Воронка"):
  • Этот фильтр (Enable Filtering (Tandem Only)) позволяет отсеять результаты по полярности, типу аддукта (M+H, M+Na и т.д.) и другим параметрам.
  • ВАЖНО: Рекомендуется сначала выполнять поиск с отключенным фильтром, а затем применять его к списку результатов. Это поможет не отсеять нужные совпадения на начальном этапе.
• "Best Matching only": Эта опция значительно упрощает список результатов, удаляя дубликаты с тем же номером CAS и оставляя только лучшее совпадение.
• Включение/Исключение MS3+ спектров:
  • Библиотеки NIST содержат MS3 спектры, что может усложнять анализ.
  • Чтобы упростить результаты, можно в фильтре снять галочку "Include MS3+ spectra".
• Отображение колонок в списке результатов:
  • Для удобства анализа рекомендуется добавить в список результатов колонки: Prec. Type (тип иона-предшественника), Instr. Type (тип инструмента) и Energy.

5. Оценка Результатов (Scores)

• Dot Product: Математическая мера сходства спектров (999 — идеальное совпадение).
• Score: Скорректированное значение, которое учитывает количество пиков и является более надежной мерой уверенности в идентификации, особенно для спектров с малым числом фрагментов.

6. Сохранение Настроек

• ВАЖНО: После завершения всех настроек сохраните конфигурацию для будущих сессий через File -> Save Configuration.
• Вы можете легко восстановить сохраненные настройки через File -> Restore Configuration.