Часть 1: Обзор, основные компоненты и начало работы

Это основные моменты, которые помогут вам понять структуру программного обеспечения NIST и начать с ним работать.

1. Основные программные компоненты

Программный пакет NIST состоит из нескольких ключевых утилит:

  • NIST MS Search Program (NISTMS.EXE): Основная программа для поиска по масс-спектральным библиотекам. Она имеет графический интерфейс и множество настроек.
  • Lib2NIST: Утилита командной строки, предназначенная для конвертации и создания библиотек. В основном используется продвинутыми пользователями для пакетной обработки.
  • AMDIS (Automated Mass Spectral Deconvolution & Identification System): Утилита для деконволюции и идентификации компонентов в сложных хроматографических данных (GC/MS, LC/MS). Особенно полезна, когда пики перекрываются.
  • MS Interpreter: Инструмент для анализа масс-спектров, который помогает соотнести пики с возможными структурными фрагментами молекулы.

2. Ключевые библиотеки (Libraries)

NIST поставляется с набором эталонных библиотек. Важно понимать их назначение:

  • mainlib: Основная библиотека масс-спектров электронной ионизации (EI).
  • replib: Библиотека реплик (повторных измерений) спектров из mainlib. Полезна для оценки воспроизводимости и надежности совпадения.
  • hr_msms_nist: Библиотека тандемных масс-спектров (MS/MS) высокого разрешения (accurate mass).
  • lr_msms_nist: Библиотека тандемных масс-спектров низкого разрешения.
  • apci_msms_nist: Специализированная библиотека тандемных спектров, полученных методом химической ионизации при атмосферном давлении (APCI), часто для "extractables and leachables".
  • nist_ri: База данных индексов удерживания (Retention Index) для газовой хроматографии.

3. Начало работы и конфигурация (NIST MS Search v.3.0)

  • Выбор типа спектра (Select Spectrum Type): Это первое, что нужно сделать. В версии 3.0 это ключевая функция, которая адаптирует интерфейс.
    • EI: Для спектров электронной ионизации.
    • Tandem: Для тандемных спектров (MS/MS).
    • Peptide: Для пептидных спектров.
    • All: Показывает все возможные опции для всех типов спектров.
  • Сохранение конфигурации: Все ваши настройки (шрифты, расположение окон, выбранные библиотеки, параметры поиска) можно сохранить в .INI файл через меню File -> Save Configuration.
    • NIST предоставляет преднастроенные файлы, например, settings_EI.INI и settings_MSMS.INI.
    • Это крайне удобно для быстрого переключения между разными типами анализа.
  • Настройка внешнего вида:
    • Вы можете изменять шрифты, цвета, ширину колонок и расположение окон.
    • Чтобы применить шрифт ко всем окнам на вкладке, используйте кнопку Set for all views в свойствах (Properties).
    • Расположение окон можно менять, перетаскивая разделители, или через меню View -> Change Splitter Orientation.

4. Импорт данных (Как загрузить спектр в программу)

Это самый первый вопрос, который возникает у пользователей.

  • Прямая отправка из ПО производителя: Если у вас установлено ПО от Agilent (ChemStation, MassHunter) или Thermo Fisher (Xcalibur, FreeStyle), вы можете отправлять спектры напрямую в NIST MS Search.
  • Импорт из файлов: Программа поддерживает импорт из множества форматов, включая:
    • *.MSP (стандартный текстовый формат NIST)
    • *.JDX (JCAMP-DX)
    • *.SDF, *.MOL (файлы структур)
    • mzXML, mzData и другие.
  • Через AMDIS: AMDIS может читать "сырые" файлы данных многих производителей, деконволюировать их и отправлять чистые спектры в MS Search.

Важно: По умолчанию NIST MS Search настроен на автоматический поиск (Automatic Search On) каждого импортированного спектра. Эту опцию можно отключить в настройках Library Search Options -> Automation.